mmCIF structure (observed residues) to FASTA (two-line) converter

Convert a mmCIF structure (observed residues) sequence file to FASTA (two-line).

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mmCIF structure (observed residues) → FASTA (two-line)

This reads residues present in the structure's coordinates; missing residues will not appear.

About this conversion

The converter reads records in the input format and writes them in the output format. Data that the output format cannot store may be lost. The notes under the Convert file button list the important limits for this pair.

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For batch work, you can use Biopython's SeqIO.convert function. This pair needs no molecule type argument.

from Bio import SeqIO

count = SeqIO.convert("input.cif-atom", "cif-atom",
                      "output.fasta-2line", "fasta-2line")
print("Converted %i records" % count)

Sample input file: mmCIF structure (observed residues)

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data_a_structure
loop_
_atom_type.symbol 
N  
C  
O  
SE 
S  
# 
loop_
_atom_site.group_PDB 
_atom_site.id 
_atom_site.type_symbol 
_atom_site.label_atom_id 
_atom_site.label_alt_id 
_atom_site.label_comp_id 
_atom_site.label_asym_id 
_atom_site.label_entity_id 
_atom_site.label_seq_id 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code 
_atom_site.Cartn_x 
_atom_site.Cartn_y 
_atom_site.Cartn_z 
_atom_site.occupancy 
_atom_site.B_iso_or_equiv 
_atom_site.Cartn_x_esd 
_atom_site.Cartn_y_esd 
_atom_site.Cartn_z_esd 
_atom_site.occupancy_esd 
_atom_site.B_iso_or_equiv_esd 
_atom_site.pdbx_formal_charge 
_atom_site.auth_seq_id 
_atom_site.auth_comp_id 
_atom_site.auth_asym_id 
_atom_site.auth_atom_id 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num 
ATOM   1   N  N   . MSE A 1 1  ? 19.594 32.367 28.012 1.00 18.03 ? ? ? ? ? ? 151  MSE A N   1 
ATOM   A   C  CA  . MSE A 1 1  ? 20.255 33.101 26.891 1.00 18.64 ? ? ? ? ? ? 151  MSE A CA  1 
ATOM   3   C  C   . MSE A 1 1  ? 20.351 34.558 27.296 1.00 18.46 ? ? ? ? ? ? 151  MSE A C   1 
ATOM   4   O  O   . MSE A 1 1  ? 19.362 35.291 27.282 1.00 19.71 ? ? ? ? ? ? 151  MSE A O   1 
ATOM   5   C  CB  . MSE A 1 1  ? 19.457 32.943 25.591 1.00 16.30 ? ? ? ? ? ? 151  MSE A CB  1 
ATOM   6   C  CG  . MSE A 1 1  ? 20.022 33.700 24.387 1.00 17.46 ? ? ? ? ? ? 151  MSE A CG  1 
ATOM   7   SE SE  . MSE A 1 1  ? 21.718 33.262 23.918 1.00 19.31 ? ? ? ? ? ? 151  MSE A SE  1 
ATOM   8   C  CE  . MSE A 1 1  ? 21.424 31.798 22.897 1.00 18.23 ? ? ? ? ? ? 151  MSE A CE  1 
ATOM   9   N  N   . ASP A 1 2  ? 21.554 34.953 27.691 1.00 19.26 ? ? ? ? ? ? 152  ASP A N   1 
ATOM   10  C  CA  . ASP A 1 2  ? 21.835 36.306 28.144 1.00 20.88 ? ? ? ? ? ? 152  ASP A CA  1 
ATOM   11  C  C   . ASP A 1 2  ? 21.947 37.322 27.000 1.00 19.01 ? ? ? ? ? ? 152  ASP A C   1 
ATOM   12  O  O   . ASP A 1 2  ? 21.678 38.510 27.187 1.00 18.04 ? ? ? ? ? ? 152  ASP A O   1 
ATOM   13  C  CB  . ASP A 1 2  ? 23.126 36.292 28.966 1.00 23.68 ? ? ? ? ? ? 152  ASP A CB  1 
ATOM   14  C  CG  . ASP A 1 2  ? 23.098 37.275 30.112 1.00 28.51 ? ? ? ? ? ? 152  ASP A CG  1 
ATOM   15  O  OD1 . ASP A 1 2  ? 23.433 38.456 29.884 1.00 31.95 ? ? ? ? ? ? 152  ASP A OD1 1 
ATOM   16  O  OD2 . ASP A 1 2  ? 22.749 36.865 31.241 1.00 28.49 ? ? ? ? ? ? 152  ASP A OD2 1 
ATOM   17  N  N   . ILE A 1 3  ? 22.322 36.838 25.818 1.00 16.79 ? ? ? ? ? ? 153  ILE A N   1 
ATOM   18  C  CA  . ILE A 1 3  ? 22.498 37.681 24.632 1.00 15.93 ? ? ? ? ? ? 153  ILE A CA  1 
ATOM   19  C  C   . ILE A 1 3  ? 21.220 38.389 24.164 1.00 14.17 ? ? ? ? ? ? 153  ILE A C   1 
ATOM   20  O  O   . ILE A 1 3  ? 20.214 37.743 23.876 1.00 12.57 ? ? ? ? ? ? 153  ILE A O   1 
ATOM   21  C  CB  . ILE A 1 3  ? 23.062 36.854 23.441 1.00 16.32 ? ? ? ? ? ? 153  ILE A CB  1 
ATOM   22  C  CG1 . ILE A 1 3  ? 24.282 36.029 23.879 1.00 17.00 ? ? ? ? ? ? 153  ILE A CG1 1 
ATOM   23  C  CG2 . ILE A 1 3  ? 23.423 37.769 22.280 1.00 15.06 ? ? ? ? ? ? 153  ILE A CG2 1 
ATOM   24  C  CD1 . ILE A 1 3  ? 25.429 36.840 24.455 1.00 15.40 ? ? ? ? ? ? 153  ILE A CD1 1 
ATOM   25  N  N   . ARG A 1 4  ? 21.280 39.719 24.101 1.00 13.09 ? ? ? ? ? ? 154  ARG A N   1 
ATOM   26  C  CA  . ARG A 1 4  ? 20.173 40.563 23.646 1.00 11.56 ? ? ? ? ? ? 154  ARG A CA  1 
ATOM   27  C  C   . ARG A 1 4  ? 20.766 41.644 22.751 1.00 12.66 ? ? ? ? ? ? 154  ARG A C   1 
ATOM   28  O  O   . ARG A 1 4  ? 21.804 42.216 23.075 1.00 12.82 ? ? ? ? ? ? 154  ARG A O   1 
ATOM   29  C  CB  . ARG A 1 4  ? 19.444 41.206 24.830 1.00 12.01 ? ? ? ? ? ? 154  ARG A CB  1 
ATOM   30  C  CG  . ARG A 1 4  ? 18.724 40.196 25.695 1.00 13.52 ? ? ? ? ? ? 154  ARG A CG  1 
ATOM   31  C  CD  . ARG A 1 4  ? 18.011 40.824 26.869 1.00 14.47 ? ? ? ? ? ? 154  ARG A CD  1 
ATOM   32  N  NE  . ARG A 1 4  ? 17.416 39.777 27.690 1.00 16.22 ? ? ? ? ? ? 154  ARG A NE  1 
ATOM   33  C  CZ  . ARG A 1 4  ? 16.221 39.234 27.476 1.00 17.81 ? ? ? ? ? ? 154  ARG A CZ  1 
ATOM   34  N  NH1 . ARG A 1 4  ? 15.459 39.650 26.470 1.00 18.16 ? ? ? ? ? ? 154  ARG A NH1 1 
ATOM   35  N  NH2 . ARG A 1 4  ? 15.824 38.211 28.222 1.00 19.78 ? ? ? ? ? ? 154  ARG A NH2 1 
ATOM   36  N  N   . GLN A 1 5  ? 20.116 41.917 21.623 1.00 13.22 ? ? ? ? ? ? 155  GLN A N   1 
ATOM   37  C  CA  . GLN A 1 5  ? 20.613 42.918 20.680 1.00 13.79 ? ? ? ? ? ? 155  GLN A CA  1 
ATOM   38  C  C   . GLN A 1 5  ? 20.546 44.344 21.203 1.00 15.08 ? ? ? ? ? ? 155  GLN A C   1 
ATOM   39  O  O   . GLN A 1 5  ? 19.488 44.804 21.635 1.00 14.99 ? ? ? ? ? ? 155  GLN A O   1 
ATOM   40  C  CB  . GLN A 1 5  ? 19.837 42.841 19.368 1.00 13.29 ? ? ? ? ? ? 155  GLN A CB  1 
ATOM   41  C  CG  . GLN A 1 5  ? 20.385 43.751 18.271 1.00 13.01 ? ? ? ? ? ? 155  GLN A CG  1 
ATOM   42  C  CD  . GLN A 1 5  ? 19.526 43.736 17.022 1.00 14.60 ? ? ? ? ? ? 155  GLN A CD  1 
ATOM   43  O  OE1 . GLN A 1 5  ? 18.365 43.322 17.058 1.00 14.77 ? ? ? ? ? ? 155  GLN A OE1 1 
ATOM   44  N  NE2 . GLN A 1 5  ? 20.090 44.190 15.909 1.00 14.24 ? ? ? ? ? ? 155  GLN A NE2 1 
ATOM   45  N  N   . GLY A 1 6  ? 21.675 45.045 21.155 1.00 16.52 ? ? ? ? ? ? 156  GLY A N   1 
ATOM   46  C  CA  . GLY A 1 6  ? 21.698 46.427 21.598 1.00 18.25 ? ? ? ? ? ? 156  GLY A CA  1 
ATOM   47  C  C   . GLY A 1 6  ? 20.859 47.278 20.654 1.00 20.82 ? ? ? ? ? ? 156  GLY A C   1 
ATOM   48  O  O   . GLY A 1 6  ? 20.729 46.935 19.475 1.00 20.23 ? ? ? ? ? ? 156  GLY A O   1 
ATOM   49  N  N   . PRO A 1 7  ? 20.260 48.380 21.137 1.00 22.32 ? ? ? ? ? ? 157  PRO A N   1 
ATOM   50  C  CA  . PRO A 1 7  ? 19.435 49.249 20.287 1.00 22.62 ? ? ? ? ? ? 157  PRO A CA  1 
ATOM   51  C  C   . PRO A 1 7  ? 20.158 49.801 19.054 1.00 22.59 ? ? ? ? ? ? 157  PRO A C   1 
ATOM   52  O  O   . PRO A 1 7  ? 19.512 50.154 18.068 1.00 24.55 ? ? ? ? ? ? 157  PRO A O   1 
ATOM   53  C  CB  . PRO A 1 7  ? 18.993 50.357 21.249 1.00 22.00 ? ? ? ? ? ? 157  PRO A CB  1 
ATOM   54  C  CG  . PRO A 1 7  ? 20.056 50.358 22.317 1.00 24.33 ? ? ? ? ? ? 157  PRO A CG  1 
ATOM   55  C  CD  . PRO A 1 7  ? 20.300 48.887 22.519 1.00 24.26 ? ? ? ? ? ? 157  PRO A CD  1 
ATOM   56  N  N   . LYS A 1 8  ? 21.486 49.867 19.109 1.00 21.24 ? ? ? ? ? ? 158  LYS A N   1 
ATOM   57  C  CA  . LYS A 1 8  ? 22.285 50.358 17.985 1.00 22.20 ? ? ? ? ? ? 158  LYS A CA  1 
ATOM   58  C  C   . LYS A 1 8  ? 23.286 49.318 17.478 1.00 20.51 ? ? ? ? ? ? 158  LYS A C   1 
ATOM   59  O  O   . LYS A 1 8  ? 24.155 49.627 16.659 1.00 19.41 ? ? ? ? ? ? 158  LYS A O   1 
ATOM   60  C  CB  . LYS A 1 8  ? 23.025 51.649 18.358 1.00 23.18 ? ? ? ? ? ? 158  LYS A CB  1 
ATOM   61  C  CG  . LYS A 1 8  ? 22.117 52.841 18.584 1.00 26.02 ? ? ? ? ? ? 158  LYS A CG  1 
ATOM   62  C  CD  . LYS A 1 8  ? 21.236 53.111 17.369 1.00 30.06 ? ? ? ? ? ? 158  LYS A CD  1 
ATOM   63  C  CE  . LYS A 1 8  ? 20.159 54.136 17.694 1.00 32.44 ? ? ? ? ? ? 158  LYS A CE  1 
ATOM   64  N  NZ  . LYS A 1 8  ? 19.231 54.379 16.560 1.00 35.60 ? ? ? ? ? ? 158  LYS A NZ  1 
ATOM   65  N  N   . GLU A 1 9  ? 23.152 48.085 17.961 1.00 19.34 ? ? ? ? ? ? 159  GLU A N   1 
ATOM   66  C  CA  . GLU A 1 9  ? 24.037 46.996 17.561 1.00 17.36 ? ? ? ? ? ? 159  GLU A CA  1 
ATOM   67  C  C   . GLU A 1 9  ? 23.563 46.364 16.255 1.00 16.62 ? ? ? ? ? ? 159  GLU A C   1 
ATOM   68  O  O   . GLU A 1 9  ? 22.398 45.994 16.132 1.00 16.13 ? ? ? ? ? ? 159  GLU A O   1 
ATOM   69  C  CB  . GLU A 1 9  ? 24.086 45.924 18.653 1.00 16.25 ? ? ? ? ? ? 159  GLU A CB  1 
ATOM   70  C  CG  . GLU A 1 9  ? 25.003 44.744 18.321 1.00 15.36 ? ? ? ? ? ? 159  GLU A CG  1 
ATOM   71  C  CD  . GLU A 1 9  ? 24.858 43.575 19.284 1.00 16.29 ? ? ? ? ? ? 159  GLU A CD  1 
ATOM   72  O  OE1 . GLU A 1 9  ? 23.861 43.516 20.039 1.00 15.50 ? ? ? ? ? ? 159  GLU A OE1 1 
ATOM   73  O  OE2 . GLU A 1 9  ? 25.748 42.701 19.277 1.00 15.09 ? ? ? ? ? ? 159  GLU A OE2 1 
ATOM   74  N  N   . PRO A 1 10 ? 24.459 46.247 15.256 1.00 17.27 ? ? ? ? ? ? 160  PRO A N   1 
ATOM   75  C  CA  . PRO A 1 10 ? 24.089 45.645 13.969 1.00 16.68 ? ? ? ? ? ? 160  PRO A CA  1 
ATOM   76  C  C   . PRO A 1 10 ? 23.580 44.224 14.212 1.00 15.39 ? ? ? ? ? ? 160  PRO A C   1 
ATOM   77  O  O   . PRO A 1 10 ? 24.111 43.515 15.070 1.00 14.31 ? ? ? ? ? ? 160  PRO A O   1 
ATOM   78  C  CB  . PRO A 1 10 ? 25.415 45.639 13.207 1.00 16.98 ? ? ? ? ? ? 160  PRO A CB  1 
ATOM   79  C  CG  . PRO A 1 10 ? 26.116 46.856 13.749 1.00 17.40 ? ? ? ? ? ? 160  PRO A CG  1 
ATOM   80  C  CD  . PRO A 1 10 ? 25.852 46.732 15.231 1.00 17.24 ? ? ? ? ? ? 160  PRO A CD  1 
ATOM   81  N  N   . PHE A 1 11 ? 22.544 43.824 13.480 1.00 13.37 ? ? ? ? ? ? 161  PHE A N   1 
ATOM   82  C  CA  . PHE A 1 11 ? 21.960 42.494 13.639 1.00 12.78 ? ? ? ? ? ? 161  PHE A CA  1 
ATOM   83  C  C   . PHE A 1 11 ? 22.965 41.346 13.502 1.00 12.00 ? ? ? ? ? ? 161  PHE A C   1 
ATOM   84  O  O   . PHE A 1 11 ? 22.928 40.397 14.283 1.00 10.69 ? ? ? ? ? ? 161  PHE A O   1 
ATOM   85  C  CB  . PHE A 1 11 ? 20.793 42.292 12.666 1.00 11.13 ? ? ? ? ? ? 161  PHE A CB  1 
ATOM   86  C  CG  . PHE A 1 11 ? 19.999 41.042 12.927 1.00 10.56 ? ? ? ? ? ? 161  PHE A CG  1 
ATOM   87  C  CD1 . PHE A 1 11 ? 19.234 40.918 14.085 1.00 13.40 ? ? ? ? ? ? 161  PHE A CD1 1 
ATOM   88  C  CD2 . PHE A 1 11 ? 20.019 39.985 12.021 1.00 11.57 ? ? ? ? ? ? 161  PHE A CD2 1 
ATOM   89  C  CE1 . PHE A 1 11 ? 18.495 39.758 14.340 1.00 11.25 ? ? ? ? ? ? 161  PHE A CE1 1 
ATOM   90  C  CE2 . PHE A 1 11 ? 19.286 38.821 12.263 1.00 11.84 ? ? ? ? ? ? 161  PHE A CE2 1 
ATOM   91  C  CZ  . PHE A 1 11 ? 18.523 38.708 13.427 1.00 12.92 ? ? ? ? ? ? 161  PHE A CZ  1 
ATOM   92  N  N   . ARG A 1 12 ? 23.861 41.443 12.522 1.00 11.87 ? ? ? ? ? ? 162  ARG A N   1 
ATOM   93  C  CA  . ARG A 1 12 ? 24.870 40.411 12.294 1.00 12.70 ? ? ? ? ? ? 162  ARG A CA  1 
ATOM   94  C  C   . ARG A 1 12 ? 25.788 40.216 13.509 1.00 13.20 ? ? ? ? ? ? 162  ARG A C   1 
ATOM   95  O  O   . ARG A 1 12 ? 26.158 39.090 13.835 1.00 13.83 ? ? ? ? ? ? 162  ARG A O   1 
ATOM   96  C  CB  . ARG A 1 12 ? 25.684 40.732 11.032 1.00 13.94 ? ? ? ? ? ? 162  ARG A CB  1 
ATOM   97  C  CG  . ARG A 1 12 ? 26.777 39.725 10.715 1.00 18.61 ? ? ? ? ? ? 162  ARG A CG  1 
ATOM   98  C  CD  . ARG A 1 12 ? 26.215 38.321 10.515 1.00 22.34 ? ? ? ? ? ? 162  ARG A CD  1 
ATOM   99  N  NE  . ARG A 1 12 ? 27.235 37.297 10.736 1.00 25.22 ? ? ? ? ? ? 162  ARG A NE  1 
ATOM   100 C  CZ  . ARG A 1 12 ? 28.136 36.918 9.833  1.00 26.94 ? ? ? ? ? ? 162  ARG A CZ  1 
ATOM   101 N  NH1 . ARG A 1 12 ? 28.155 37.473 8.628  1.00 24.70 ? ? ? ? ? ? 162  ARG A NH1 1 
ATOM   102 N  NH2 . ARG A 1 12 ? 29.030 35.992 10.145 1.00 27.37 ? ? ? ? ? ? 162  ARG A NH2 1 
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Samples are small illustrative files. Some come from the Biopython test suite (see the project's sample notes); they are not real study data.

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